Das Hauptthema von DNA² ist ohne Frage die Liebe. Ausserdem geht es auch um die Entdeckung der Sexualität (Junta ist ja wohl das beste Beispiel dafür, da er sich ja jedes Mal übergeben muss, wenn er sexuell erregt wird ^^) - kein Wunder, dass die Hauptcharaktere alle 16 Jahre alt sind.
Die Geschichte selbst beginnt zu Beginn in der Zukunft, wo eine extreme Überbevölkerung herrscht. Wer mehr als zwei Kinder zeugt, wird erschossen... Schuld an der Überbevölkerung hat hauptsächlich eine Person: Der legendäre Mega-Playboy Junta Momonari, Blutgruppe 0. Mit seiner betörenden "Mega-Playboy-DNA" hat er viele Frauen verführt und insgesamt 100 Kinder gezeugt - seine Kinder haben wiederum dieselbe DNA und zeugten ihrerseits 100 Kinder... usw.
Um dem vorzubeugen, wird die DNA-Agentin Karin Aoi in die Vergangenheit geschickt, um den Mega-Playboy zu stoppen, bevor es zu spät ist...

Wenn man den Manga mit dem Anime vergleicht, fällt sofort etwas auf: Die Reihenfolge. Kotomi kommt im Manga erst nach dem Kampf gegen Ryuji - im Anime erscheint sie bereits in der fünften Episode. Zusätzlich zu den 12 Anime-Episoden wurden 3 OAV-Episoden produziert, bei denen es zum Kampf gegen machthaberische Charaktere aus der Zukunft kommt...

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